Malował pejzaże (Nowy Świat, Mokra Wieś 1892) i kompozycje figuralne (Dzieci w ogrodzie 1892), odznaczające się czystą, świetlistą gamą barwną, często o śmiałych zestawieniach kolorystycznych, a także portrety.  Na przełomie 1892 i 1893 pod wpływem przeżyć osobistych zwrocił się ku symbolizmowi, malując obrazy w ciemnym kolorycie, utrzymane w nastroju niesamowitości i fantastyki (Taniec szkieletów, Szał uniesień 1893). Pod koniec 1894 nieuleczalnie chory Podkowiński namalował swój ostatni obraz Marsz żałobny Chopina.